Bonjour à tous,

Aujourd’hui, on attaque la deuxième partie de ce sujet : l’analyse des résultats donnés par le diffractomètre. Il est fortement conseillé d’avoir lu la première partie pour comprendre celle-ci.

Durant l’analyse du diffractomètre, les rayons X émis par la source à molybdène sont réfractés par les électrons de la molécule cristallisée. Les densités d’électrons et leur intensité sont alors enregistrées par un logiciel relié au diffractomètre. Le plus utilisé est en général APEX2, dont vous avez une illustration ci-dessous (ici, chaque pic correspond à un spot d’électrons) :

Grâce à ces données, on peut ensuite déterminer la structure cristalline de la molécule. Cette détermination peut prendre entre 8h et 22h! Les données sont ensuite intégrées et analysées par le cristallographe. Quand tout ceci a été vérifié, la dernière étape est la détermination du groupe d’espaces ; il en existe 230 et heureusement pour nous, le logiciel fait déjà un tri et ne nous en propose que 3 ou 4.

Une fois que le groupe d’espace a été choisi, les données sont ensuite récupérées et analysées par un deuxième logiciel : OLEX2. Celui-ci permet de déterminer la structure moléculaire du cristal en interprétant les densités d’électrons en tant qu’atomes. Plus la densité d’électrons sera intense, plus il y aura de chances que ces électrons appartiennent à un atome de la molécule analysée.

Attention, si le groupe d’espace n’a pas bien été déterminé dans la partie précédente, la résolution de la structure moléculaire par OLEX2 devient impossible!

NB : la théorie sur la structure cristalline et sur les groupes d’espaces sera développée dans le prochain article : l’analyse de monocristaux par diffraction aux rayons X (partie 3)